إن التقدم في تسلسل الحمض النووي والكميات الهائلة من البيانات الجينومية التي تنتجها تقنية تسلسل الجيل التالي (NGS) قد خلقت فرصة لبدء التشغيل لبناء برامج لعلماء الأحياء حتى يتمكنوا من تحليل هذه البيانات الكبيرة بسهولة أكبر واتخاذ القفزة التالية. يمكن أن يساعد عندما يتعلق الأمر بتطوير لقاحات جديدة وعلاجات للسرطان وما إلى ذلك.
على مدى السنوات الأربع الماضية، قامت شركة MiLaboratories، وهي شركة ناشئة مقرها سان فرانسيسكو ولها منشأة للبحث والتطوير في بلباو بإسبانيا، ببناء منصة للبيولوجيا الحاسوبية لتسهيل معالجة وتحليل وتجميع بياناتهم على علماء الأحياء. فهو يشتمل على ميزات مثل تصور البيانات والذكاء الاصطناعي التوليدي لتعزيز سهولة الاستخدام.
تم تصميم منصتها أيضًا لتكون سوقًا للعلماء الآخرين حتى يتمكنوا من توزيع أدوات حسابية أكثر تخصصًا في شكل تطبيقات لمواصلة توسيع المنفعة لمجتمع أبحاث الجينوم. تستهدف MiLaboratories العلماء الذين تشمل مهاراتهم مجالات البيولوجيا وعلوم الكمبيوتر والرياضيات، أو ما يسمى بأخصائيي المعلومات الحيوية.
“إنه أسلوب “بدون كود” بالنسبة لعلماء الأحياء و نحن أيضا نطلق سراح [open source] SDK – مجموعة تطوير البرمجيات – تسمح لأخصائيي المعلومات الحيوية ببناء تطبيقات حقيقية،” يقول الرئيس التنفيذي ستان بوسلافسكي لـ TechCrunch.
«خلال مسيرتي العلمية أنا ومؤسسينا، شهدنا قدرًا كبيرًا من عدم الكفاءة. . . ويشرح كيف يتم تطوير العلاجات الحديثة، وكيفية تطوير الأدوية الحديثة. “بسبب هذا الاحتكاك بين البيانات – البيانات الضخمة التي أنشأها علماء الأحياء، وبيانات التسلسل – وتحليل البيانات غير المتاحة لهم.”
وفي حين أن هناك “الآلاف” من البرامج والأدوات التي يمكنها تحليل بيانات NGS، إلا أنه يقول إن معظمها تم تطويره داخل الأوساط الأكاديمية، حيث يميل التركيز إلى المنفعة بدلاً من سهولة الاستخدام.
ويقول إن هناك أيضًا حاجة لعلماء الأحياء إلى تجميع ودمج النتائج من التحليلات المتعددة. “في صورة موحدة، مما يسمح لك بفهم ما يجري. وهذا هو المكان الذي تساعد فيه منصتنا بشكل كبير.
وتأمل الشركة الناشئة أن تحرر منصتها خبراء المعلوماتية الحيوية من الاستدعاء للتعامل مع العمل الشاق المتمثل في معالجة البيانات الجينومية حتى يتمكن هؤلاء العلماء متعددي التخصصات من تطبيق مهاراتهم على المهام الأكثر تعقيدًا المتمثلة في بناء الخوارزميات التي قد تساعد في تقدم العلوم المتطورة.
يقول بوسلافسكي: “في الواقع، يقضي اختصاصيو المعلوماتية الحيوية الكثير من الوقت في أداء مهمة بسيطة تتمثل في تشغيل البرامج لعلماء الأحياء”. “لمعالجة هذه البيانات، يجب أن يكون لديك أجهزة Linux، وتجاوز SSH، وتشغيل أدوات برمجية معقدة لإنجاز التحليل والحصول على نظرة ثاقبة من البيانات.”
“[A doctor] ليس لديه المهارات اللازمة للقيام بذلك على نظام التشغيل Linux، وعلى HPC [high performance computing] الكتلة، لأنه لديه أشياء أخرى للقيام بها. وهذا ما يفعله معظم المتخصصين في مجال المعلوماتية الحيوية في الشركات والأوساط الأكاديمية، في الواقع، مجرد هذه المهمة الشهرية المتمثلة في تشغيل الأدوات.
في يوم الخميس، قامت MiLaboratories رسميًا بإزالة حزمة SDK الخاصة بها، Platforma.bio، والتي تتيح لمطوري الطرف الثالث المساهمة بالتطبيقات – على الرغم من أنها كانت في اختبار ألفا وبيتا لعدة سنوات. (يقول بوسلافسكي إن “حوالي 300 معمل” يستخدم الإصدار التجريبي، وتم توفير “حوالي 20” تطبيقًا من خلال النظام الأساسي حتى الآن).
“إن التطبيقات الأولى المتوفرة في المنصة مبنية على تطبيقاتنا البيولوجية والمعلوماتية الحيوية، والتي تحظى بشعبية كبيرة. . . [with] الشركات والأشخاص المشاركين في تطورات العلاج المناعي. ولكن لدينا بالفعل. . . ويضيف: “هناك مجموعة جيدة من الأشخاص المتعاونين والأشخاص الراغبين في تقديم تطبيقاتهم على المنصة، سواء من الأوساط الأكاديمية أو من الصناعة”.
وتعلن الشركة الناشئة التي تأسست عام 2021 أيضًا عن جولة تمويل من السلسلة A بقيمة 10 ملايين دولار لمواصلة التطوير، مع التركيز على الاستثمار في بناء المجتمع.
“السبب الرئيسي لجمع الأموال هو مجرد مشاركة المزيد من الأيدي في تطوير منصتنا. نحن نوظف المزيد من المهندسين. نحن نقوم بتوظيف ما يسمى بـ “المدافعين عن المطورين”، الذين ينشرون التكنولوجيا حول – في المقام الأول – المجتمع الأكاديمي، لأن معظم برامج المعلوماتية الحيوية يتم تطويرها في الأوساط الأكاديمية.
“للعام المقبل [we will] ويضيف: “نركز على نشر التكنولوجيا في جميع أنحاء المجتمع، وإشراك المجتمع لبناء تطبيقاتهم، وتغليف برامجهم الحالية، وتقديمها من خلال النظام الأساسي”.
تتولى شركة Kfund ومقرها مدريد قيادة السلسلة A من MiLaboratories، بمشاركة من Acrobator Ventures وEGB Capital وCourtyard Ventures وSomersault Ventures وSpeedinvest وTen13.
وتعليقًا على ذلك، قال ميغيل أرياس، الشريك العام لـ Kfund: “إن الاستثمار في المنصات التي تسد الفجوة بين المطورين (في هذه الحالة متخصصي المعلومات الحيوية) ومستخدمي الأعمال (في هذه الحالة علماء الأحياء) هو جوهر ما نريد القيام به”. في صندوقنا. هناك إمكانات هائلة في إضفاء الطابع الديمقراطي على الوصول إلى البيانات المعقدة مما يتيح تقديم رؤى مناعية.
تقدم MiLaboratories برامجها مجانًا للأكاديميين ولكنها تحصل أيضًا على إيرادات عبر نموذج مدفوع للمستخدمين التجاريين. وفقًا لبوسلافسكي، تقترب الشركة الناشئة من 100 عميل يدفعون في هذه المرحلة.
ويشير إلى أن “العديد من شركات الأدوية الكبرى – مثل موديرنا، وبريستول مايرز سكويب – هم عملاؤنا”، مضيفا: “لدينا إيرادات – إيرادات جيدة – تسمح لنا بعدم الاعتماد بشكل كبير على أموال المشاريع”.
وفي بداية عام 2022، جمعت الشركة الناشئة جولة تأسيسية بقيمة 2.5 مليون دولار. كما أنها أخذت في السابق بذرة صغيرة من عدد قليل من الملائكة.
أثناء مناقشة تحديات تطوير منصة البيولوجيا الحاسوبية، يقول بوسلافسكي إن الكمية المذهلة من البيانات التي يتم إنشاؤها بواسطة NGS تعني أن الشركات الناشئة يجب أن تولي اهتمامًا شديدًا لضمان كفاءة المعالجة لتجنب توليد “تكاليف مجنونة”.
ويؤكد أن “كمية البيانات التي يتم توليدها في الفضاء هي في الواقع جنونية”. “شركات الأدوية الكبرى، عملائنا.. . . لديهم بيتابايت من البيانات الجينية التي تم إنشاؤها حتى الآن. لذلك هذا نطاق ضخم.”
قامت شركة MiLaboratories بتطوير ما وصفه بوسلافسكي بأنه تقنية “معقدة للغاية” و”مثبتة رياضيًا” تسمح بإجراء العديد من أنواع الحسابات “بطريقة مُحسّنة للغاية”. ويقترح أن هذه التقنية – التي حصلت على براءة اختراع – تمكن المنصة من الوصول إلى كفاءة 10x مقارنة ببعض الأنواع الأخرى من سير العمل الحسابي.
“هذا شيء مهم للغاية. إنه مخفي عن أعين عالم الأحياء – لأن الاقتراح القيم لعالم الأحياء هو “أريد النقر على الأزرار والحصول على نظرة ثاقبة” – ولكنه مهم جدًا لأصحاب الأعمال.
من ناحية المنافسة، يصف بوسلافسكي شركة Seqera (وبرنامج Nextflow الخاص بها) بأنها أقرب المنافسين – من حيث الشعبية وعرض القيمة. هناك أيضًا أدوات مفتوحة المصدر لمعالجة NGS، مثل Galaxy، لكن MiLaboratories تعتقد أن منصتها توفر للباحثين طريقًا أكثر سهولة للوصول إلى رؤى البيانات.
اكتشاف المزيد من موقع شعاع للمعلوماتية
اشترك للحصول على أحدث التدوينات المرسلة إلى بريدك الإلكتروني.
